在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

分析结论

1、从光敏养成组织细胞中转化成DNA化学交联蛋白酶质

为了能导出光化学热塑淀粉酶质-DNA挽回物中用LC-MS浅析，小说作家激发半个种退行纯化策划方案，可从DNA中避开了化学热塑淀粉酶质，仅在直晒时根据一直染色的体组接处丰度DNA化学热塑淀粉酶质。用TRIZOL导出染色的质并避开落网获的非化学热塑淀粉酶，然后呢将其重拾熔化分解以做好RNase代谢。根据高周波切面所有淀粉酶质化学热塑DNA的导出物，在硫氰酸胍中加热退行，并在二被氧化硅离心力柱上的剧烈洗滌以避开了化学热塑淀粉酶质随后结束。根据核酸酶治疗从DNA中移除光化学热塑淀粉酶，并做好胰淀粉酶酶代谢中用LC-MS浅析。该步骤排序为淀粉酶质化学热塑DNA导出或XDNAX。

图1.蛋清质化学交联DNA生成或XDNAX步奏图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可立即触及DNA的核核苷酸图谱

将光热塑方法步骤技术应用于MCF7团队内部，发现了1,805种获选淀粉酶，之中1,191种会存在于3个或更多的次反复重复中。60%的DNA相护做用组有核酸切合实际的GO批注，在贫乏核酸切合实际批注的淀粉酶质中，上限的重大贡献源自核纤层淀粉酶，另外是参与活动染色法质团队和团队内部裂变的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可可以使用 DNA 的蛋白酶质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3整理了DNA之间用处组所暗含的蛋清质-DNA表层十分主要还包括的核苷酸交连肽。这还包括伴随（1）球状DNA切合设计域、（2）DNA 切合混乱区（IDR）和（3）伴随与其他的蛋清质（举例组蛋清切合蛋清）、RNA（举例剪接成分）或相拆分区室（举例核仁蛋清）之间用处而影响的情况相似。

图3 . 可随时接觸 DNA的设计域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法细胞系扰动期間与DNA结合起来的转录指数公式

雌肾上腺素感觉α（ESR1）驻留到胞质溶胶中，也许碰见其配体，启用易位到上皮肿瘤细胞系，在哪儿它与染色体组中的某一区结合在一起以系统激活某一的转录步骤。将血清饥饿的MCF7上皮肿瘤细胞系体现于高残留量雌肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）4五秒钟，与模拟训练处里的较上皮肿瘤细胞系相对较患者的DNA彼此用组（图4A）。进来，雌肾上腺素促进后DNA彼此用组中的ESR1不断增加了30倍（图4B）。总的我认为，在1,814个降钙素原检测的球蛋白质-DNA彼此用中，约有9%表明出已超2倍的重要变现，并仔细观察到与ESR1具备着彼此用的球蛋白如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌的激素操作乳腺纤维恶性肿瘤核 DNA 之间使用组的降钙素原检测很（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

科研探讨进到DNA组的核高脂肪酸酶以熟知它是怎样才能被读入并付诸社会实践的，一直都在是成果转化工人1个太久的追求梦想。DNA组可及性首要以DNA为管理中心的方向展开科研探讨，可是，到目前已经已经，刺绣质抑菌凝胶中的怎样核高脂肪酸酶与DNA 产生物理性双方帮助尚不清析。用到零高度光热塑，可看见DNA双方帮助组中的基本上数核高脂肪酸酶，XDNAX技能将看作核高脂肪酸酶-DNA双方帮助科研探讨的巨大用具。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋清质组学、修饰语组学、分泌组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

对比资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.